GS Junior ベンチトップシステム

GS ジュニア ベンチトップシステム

¥15,500,000
05922160001
1セット
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GSジュニアベンチトップシステム

次世代シークエンステクノロジーのパワーをそのままベンチトップサイズに。454 GS ジュニアシステムは、" パーソナル次世代シークエンス" システムとしてゲノム研究の新たな革命の扉を開きます。次世代シークエンサーは、もはや莫大な予算やこれまで必要とされた、高度なインフラの整備された大施設に限らず利用できるようになりました。
 
 
より詳しい情報は、GSジュニアスペシャルサイトでご確認ください。
 
 

ベンチトップサイズのトータルシークエンスソリューション

 
 
New システム ― 実績あるテクノロジー ―

  • ロングリードで定評のあるGS FLX システムと同じチタニウムケミストリを採用。
  • 革新的なテクノロジーによりde novoシークエンス、ホールゲノムやターゲット領域のリシークエンス、メタゲノムやRNA解析など幅広いアプリケーションにおいて数百もの査読付き文献が報告されています。

 
  
研究目的に合わせてオプティマイズ
研究室レベルの実験規模にマッチしたサイズ

  • PCR 産物をクローナルにシークエンス(Amplicon)
  • ヒトのターゲット・リシークエンス(Resequencing)
  • 微生物の de novo シークエンス(De novo sequencing of microbial genomes)
  • さまざまな環境サンプルのメタゲノム解析(Metagenome)
  • 病原体の検出(Pathogen detection)
そしてさらに多くのアプリケーションが低コストで実現!


データからディスカバリまでのトータルソリューション

  • シークエンスデータからサイエンティフィックに意味のある結果を容易に得ることの可能な、使いやすい解析ソフトウェアとプロトコール。
  • バイオインフォマティクスの専門家でなくても、生物学的に意味のある結果を得られるツール。

 
 
シンプルなデータ解析
GS ジュニアシステムのすべてのデータ処理は、直感的に分かりやすいGUI ベースのコンピュータでプラグアンドプレイで行うことが可能で、コマンドラインでの操作や高価でハイスペックなクラスターコンピュータを必要としません。付属の下記ツールを使用してデータ解析が可能です。

  • GS De Novo Assembler “Newbler”
  • GS Reference Mapper
  • GS Amplicon Variant Analyzer

 
 
 
 

システムパフォーマンス


:Table 1: 大腸菌を使用した場合の一般的な例。平均リード長およびリード数はサンプルの特性に依存します。
 
 
 
 

GSジュニアベンチトップシステムのワークフロー


1フラグメント=1ビーズ=1リード
GSジュニアベンチトップシステムはサンプル調製からデジタルデータ解析まですべてのソリューションを提供いたします。
 
 
Step 1)対象サンプル
ゲノムDNA、PCR産物、BAC、cDNAなど様々なサンプルの塩基配列を解析することができます。

Fig.1 ゲノムDNA、PCR産物、BACクローン、cDNAなど様々なサンプル。
 
 
 
Step 2)サンプルの断片化
ゲノムDNAやBACなどのサンプルDNAは、まず500~800塩基対ほどのサイズに断片化します。

Fig.2 サンプルDNAは、ネブライザーを使用して物理的にランダムに断片化します。PCR産物やcDNAがサンプルの場合などネブライズを必要としない場合もあります。
 
 
 
Step 3)アダプターライゲーション
標準的な分子生物学的手法を用いて、3’末端と5’末端に特異的に結合する短い2種類のアダプター(AとB)をそれぞれのDNAフラグメントに結合します。このアダプター配列は、後に精製、増幅、シークエンスの各ステップで必要となってきます。アダプターを結合したDNAフラグメントは最終的に一本鎖にします。

Fig.3エマルジョンPCRおよびシークエンス用アダプターのライゲーション
 
 
 
Step 4)1DNAフラグメント=1ビーズ
このステップはemPCR(エマルジョンPCR)の最初のステップとなります。何十万とある一本鎖DNAフラグメントはアダプターを介してビーズに結合します。そしてこれらのビーズを油水エマルジョンの中に包み込みこむことにより、ビーズ1つとDNAフラグメント1つを持つマイクロリアクターを形成します。これらマイクロリアクター内でそれぞれのDNAフラグメントは他のDNA配列が混入すること無く増幅されます。すべてのDNAフラグメントは個々のマイクロリアクター内で並列的に増幅されます。

Fig.4サンプルDNAのフラグメントとDNAキャプチャービーズが1:1で結合するよう混合し、エマルジョンを形成後、増幅します。
 
 
 
Step 5)1ビーズ=1リード
emPCRによって各DNAフラグメントは1ビーズあたり数百万コピーにまで増幅されます。増幅反応後DNAフラグメントがビーズに結合している状態で油水エマルジョンを破壊します。次にクローナルに増幅されたこれらのビーズは濃縮され、シークエンスをするためにピコタイタープレート上に載せられます。

Fig.5マイクロリアクター内でモノクローナルに増幅されたサンプルDNAビーズ。
 
 
 
Step 6)シークエンス
ポリメラーゼによりテンプレートに相補的な塩基が取り込まれるとピロリン酸が生じ、ルシフェリンによる発光をCCDカメラが検出します。

Fig.6パイロシークエンス方によるシークエンシング。
 
 
 
 

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