SeqCap Epi CpGiant Enrichment Kit

「SeqCap Epi CpGiant Enrichment Kit (シークキャップ エピ シーピージャイアント エンリッチメント キット)」は、ヒトゲノム上の 550 万箇所以上の CpG サイト のメチル化バリエーションを評価するための試薬です。

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保管温度冷凍 (-20℃) 毒劇なし 国内在庫 お問い合わせ 現出荷品有効期限 2017-10-06
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製品の特徴

・550 万以上の CpG サイトをカバー
広く利用されている他社ビーズアレイプラットフォームの 12 倍以上に相当する 550 万以上の CpG サイトを解析可能です。

< SeqCap Epi CpGiant と他社ビーズアレイプラットフォームとの比較>

< SeqCap Epi CpGiant と他社ビーズアレイのターゲット CpG サイトの比較> 19 番染色体の一部の領域でのそれぞれのプラットフォームでターゲットとする CpG サイトをバーで表示しています。Y 軸値 0 以上はワトソン鎖、0 以下にはクリック鎖での CpG サイトを示しています。



・他社ビーズアレイプラットフォームのデータとも高相関
ビーズアレイではカバーされていない CpG サイトも網羅的に解析できるだけではなく、共通の解析対象サイトについては相関の高いデータが得られ、データの相互比較も可能です。

< SeqCap Epi CpGiantと他社ビーズアレイプラットフォームとのデータの相関> 口腔検体から抽出した 500 ng ずつのゲノムDNAを使用してそれぞれ解析を行い、共通のCpG サイトのデータの比較を行いました。青いバーは 7 検体の平均値を示しています。



・両鎖を解析
バイサルファイト処理後にハイブリダイゼーションする独自のワークフローと、両鎖におけるメチル化の可能性を網羅したプローブデザインにより、両鎖の解析が可能です。それぞれのストランドでのメチル化状態の違いを検出できるほか、SNV との判別も可能です。

<想定される様々な組み合わせのプローブをプール> 1 本ごとのプローブ配列内の CpG サイトについて、どのようなメチル化のパターンでも確実に解析できるよう、想定される様々な組み合わせのプローブをプールしています。

< SNV との識別が可能> バイサルファイト変換を行ったDNAをシークエンスした場合、シークエンスリード上の T は、元のゲノム配列で「非メチル化 C 」を意味する他、「 SNV に由来した T 」である可能性が考えられます。両鎖を読むことで SNV を識別し、メチル化解析の正確性を向上させることができます。



・効率的にメチル化を解析
インプット DNA の複雑性を保つワークフローにより重複リードの割合が抑えられ、シークエンスデータ量に対して効率的に解析をすることができます。

<シークエンシングデータ量とターゲットカバー率> Illumina HiSeq 2000(2x100bp)でシークエンスを行う場合、1 レーンで 4 サンプルを解析すれば平均約 30x 以上のカバレージが得られると予想できます。

実験ワークフロー

SeqCap Epi システム 実験ワークフロー

シークエンスキャプチャー実験は、ライブラリ調製の工程とハイブリダイゼーションの工程に大別されます。

・ ライブラリは検体毎に調製する必要があります。ライブラリ調製工程で使用するキット は実験検体数分をご準備ください。ライブラリ調製時に SeqCap Adapter Kit B をご利用の場合には、ハイブリダイゼーションの工程で SeqCap HE-Oligo Kit B が必要となります。

ハイブリダイゼーション工程で使用するキット はハイブリダイゼーションの回数に応じてご準備ください。SeqCap Epi システムはプレプール法には対応しておりません。

実験プロトコール

イルミナ社シークエンサー利用の場合の SeqCap Epi システムのプロトコール、必要機器・試薬

ターゲット領域

SeqCap Epi CpGiant Enrichment Kit は、GRCh37 (hg19)に基づいて 550 万以上の CpG サイトを解析できるよう総計 80.5 Mb にプローブを設計しています。このターゲット領域は、 こちら から圧縮ファイルをダウンロードすることでご確認いただくことができます。

・130912_HG19_CpGiant_4M_EPI.bed:カバーされている領域を確認いただけます
・130912_HG19_CpGiant_4M_EPI_CpG.bed:カバーされている領域上の 5,634,094 箇所の CpGs サイトを確認いただけます。
・130912_HG19_CpGiant_4M_EPI.txt:キャプチャされた領域とキャプチャの合計サイズの合計数に関する情報が含まれています。

.bed ファイルは、UCSC ゲノムブラウザや、v2.0 以降のバージョンの SignalMap ソフトウェアで読み込むと視覚的にご確認いただくことができます。

製品構成

・SeqCap Epi Enrichment Kit
・CD/DVD

保存温度

-15℃~-25℃

関連リンク先

シークエンスキャプチャー
アプリケーション&テクニカルノート
NimbleGenサイトの製品ページ

動画

GenR Video Series
 Interview: discusses collaborating with Roche NimbleGen on the development of
 the SeqCap Epi Target Enrichment
 John Greally, M.B., B.Ch., B.A.O, Ph.D
 Director of the Center for Epigenomics at Albert Einstein College of Medicine
Workshop from ASHG 2014
 Genetic Variation Impacting Methylome and Transcriptome in Primary Immune
 Cells of Multiple Sclerosis Patients
 Tomi Pastinen, MD, PhD
 Department of Human Genetics, McGill University,
 Canada Research Chair in Human Genomics.
Workshop from ASHG 2014
 Characterization of Functional Methylomes by Next-Generation Capture Sequencing
 Identifies Novel Disease Variants in Distal Regulatory Elements
 Elin Grundberg, PhD
 Assistant Professor, Department of Human Genetics, McGill University,
 Canada Research Chair in Human Genomics and Epigenomics
Webinar March 13, 2015
 Characterizing Methylomes by Next Generation Capture Sequencing Identifies Novel
 Disease Associated Variants
 Elin Grundberg, PhD
 Assistant Professor, Department of Human Genetics, McGill University,
 Canada Research Chair in Human Genomics and Epigenomics

備考

・バイサルファイト処理用の試薬が別途必要です。
・SeqCap Epi システムはプレプール法をサポートしておりません。

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