SeqCap Epi 技術概要

SeqCap Epi (シークキャップ エピ)システムは、次世代シークエンサーを用いて標的とする領域(ターゲット領域)内のDNAメチル化修飾部位解析を実施するためのターゲットエンリッチメント試薬システムです。最適なアルゴリズムで設計されたプローブ混合溶液である SeqCap Epi Enrichment Kit と、専用試薬キットと組み合わせて実験を行います。

■ SeqCap Epi システムの特徴
■ SeqCap Epi 実験 ワークフロー
■ SeqCap Epi 製品ラインナップ
■ SeqCap Epi 実験ワークフローと試薬について
■ SeqCap Epi ユーザーズガイド(プロトコール)
■ オートメーションシステムによるサンプル調製とキャプチャー

 

 

 

■ SeqCap Epi システム の特徴

  • 両鎖を解析するのでSNVと識別できる:  
      バイサルファイト処理を行うと、メチル化されていないCはウラシル(U)に変換された後、PCRによりチミン(T)に置換されます。一方、メチル化されたCはこうした変換が生じません。このため、元の二本鎖でのワトソン鎖とクリック鎖に由来するバイサルファイト変換後のDNA配列は、それぞれ相補的ではない関係となります。SeqCap Epiではバイサルファイト変換後の両方の両鎖の配列に対してプローブを設計します。
      バイサルファイト変換模式図
      ▲バイサルファイト変換模式図
      バイサルファイト変換を行ったDNAをシークエンスした場合、シークエンスリード上のTは、元のゲノム配列で「メチル化されていないC」を意味する他、「SNVに由来したT」である可能性が考えられます。片鎖のデータしか分からない場合にはSNVとの識別が難しいのですが、両鎖を読むことでSNVによるFalseコールを回避できます。
      両鎖の塩基配列情報を取得することで、SNVとの識別が可能
      ▲両鎖の塩基配列情報を取得することで、SNVとの識別が可能
  • インプットDNAの複雑性を保つワークフロー:  
      インプットDNAの複雑性は主にハイブリダイゼーションとバイサルファイト処理の工程で失われる可能性があります。
      SeqCap Epi Enrichment Kitは、1本ごとのプローブ配列内の全てのCについて、どのCがメチル化されている場合でも確実に解析できるよう、想定される様々な組み合わせのプローブをプールしています。
      ▲SeqCap Epi では想定される全ての組み合わせのプローブをプール
      ▲SeqCap Epi では想定される様々な組み合わせのプローブをプール

      また、バイサルファイト処理をハイブリダイゼーションによるターゲット領域の抽出後に行うと、回収されたごく僅かなライブラリ分子がダメージを受け、ごく一部の分子のみが増幅されるというバイアスが掛かりやすくなり、結果的に再現性や均一性が低く、インプットDNAの状態をあまり反映しないシークエンス結果しか得られません。ハイブリダイゼーション前にバイサルファイト処理を行うSeqCap Epiシステムのワークフローでは、インプットDNAの複雑性が保たれた再現性の高い両鎖の解析が可能となります。
      高品質な両鎖のデータを得るためのワークフローの改良
      ▲高品質な両鎖のデータを得るためのワークフローの改良
  • 網羅的なヒトCpGをターゲットとしたカタログ品と、様々なニーズに対応できるカスタム品の両方を提供
      カタログ品である SeqCap Epi CpGiant は 550万箇所の CpG を網羅的にエンリッチでき、ビーズアレイとも高相関なデータが得られます。フォーカスしたヒト疾患研究や農畜産分野での形質研究など様々な分野に応用できるカスタム品もご利用いただけます。
  • 高パフォーマンスをもたらす使いやすい試薬キット構成:
      ライブラリ調製からハイブリダイゼーションまで、一貫した利便性・柔軟性の高い専用試薬システムをご用意しています。また、SeqCap EZシステムとも共通して使用できるキットが多く、ゲノムおよびエピゲノムの両方のアプローチに大変便利です。

 

ページトップへ

 

■ SeqCap Epi 実験ワークフロー

SeqCap Epi 実験ワークフロー
  1. SeqCap Epi プローブはゲノム内のターゲット領域のメチル化修飾を想定して設計、合成されます。
  2. 断片化したゲノムDNAの両端にシークエンシング用アダプターを結合させます。
  3. バイサルファイト処理を行うことで、非メチル化CをUに変換させます。
  4. ウラシル耐性のPCR反応を行い、ライブラリを増幅し、UをTに変換させます。
  5. SeqCap Epi とハイブリダイズさせます。SeqCap Epi はターゲット領域特異的で全てのメチル化修飾を想定したビオチン化オリゴヌクレオチドプローブのプール溶液です。
  6. ストレプトアビジンビーズを用いて、SeqCap Epiとエピゲノムライブラリの複合体分子を回収します。
  7. 結合しなかったエピゲノムライブラリを洗浄除去します。
  8. キャプチャーされた断片プールをPCRで増幅します。
  9. 各種シークエンサーのワークフローに従い実施します。

 

ページトップへ

 

■ 製品ラインナップ

カタログSeqCap Epi Enrichment Kit

SeqCap Epi CpGiant Enrichment Kit (シークキャップ エピ シーピージャイアント エンリッチメントキット)
ヒトの網羅的CpGサイトのエンリッチメント用

カスタムSeqCap Epi Enrichment Kit

SeqCap Epi Choice S Library: (シークキャップ エピ チョイス S ライブラリ)
30Mbまでヒトエピゲノムのターゲットエンリッチメント用

SeqCap Epi Choice M Library: (シークキャップ エピ チョイス M ライブラリ)
30~60Mbヒトエピゲノムのターゲットエンリッチメント用

SeqCap Epi Choice L Library: (シークキャップ エピ チョイス L ライブラリ)
60~90Mbヒトエピゲノムのターゲットエンリッチメント用

SeqCap Epi Developer S Library: (シークキャップ エピ ディベロッパー S ライブラリ)
30Mbまでヒト以外のエピゲノムのターゲットエンリッチメント用

SeqCap Epi Developer M Library: (シークキャップ エピ ディベロッパー M ライブラリ)
30~60Mb ヒト以外のエピゲノムのターゲットエンリッチメント用

SeqCap Epi Developer L Library: (シークキャップ エピ ディベロッパー L ライブラリ)
60~90Mb ヒト以外のエピゲノムのターゲットエンリッチメント用

SeqCap Epi Developer XL Library: (シークキャップ エピ ディベロッパー XL ライブラリ)
90~210Mb ヒト以外のエピゲノムのターゲットエンリッチメント用

 

ページトップへ

 

■ SeqCap Epi 実験ワークフローと試薬について

SeqCap Epiシステムの実験プロトコールは、Illumina社のシークエンサーを使用し、ロシュから販売する下記のキットを用いるような方法として提供されています。そのワークフローは「ライブラリ調製」と「ハイブリダイゼーション」の2工程に大別することができます。

  • ライブラリ調製の工程
      「ライブラリ調製」の段階では、それぞれの検体別に操作しますので、検体数分の反応数が必要です。この工程には、KAPA Library Preparation KitとSeqCap Adapter Kitを使用します。
      ライブラリ調製用試薬
  • ハイブリダイゼーションの工程
      「ハイブリダイゼーション」の段階では、各種のSeqCap Epi Enrichment Kit と SeqCap Epi Reagent Kit Plus を使用します。SeqCap EZ システムとは異なり、SeqCap Epi システムではプレプール法に対応しておりません。1検体から調製したライブラリに対して1回のハイブリダイゼーションを実施してください。
      SeqCap Epi システム関連試薬
      個別キットおよびオプショナル試薬
SeqCap Epi システム実験ワークフローの工程と試薬の準備
▲SeqCap Epi システム実験ワークフローの工程と試薬の準備

ページトップへ