カスタムデザインツール NimbleDesign

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NimbleDesign は、ターゲットゲノム領域をキャプチャーする SeqCap システムおよび HEAT-Seq システム のための無料のオンラインツールです。研究対象のターゲットゲノム領域やターゲット転写産物に対して、迅速かつ簡単にカスタムデザインを設計することができます。長年の経験と実績に基づいた最適化されたプローブデータベースと設計プロセスによるカスタムデザインをご自身の PC 上でご都合の良い時間に作成できるため、カスタムターゲットエンリッチメントをより気軽に実施することができます。

 

 

■ 特徴

  • 入力から完成まで直観的なユーザーインターフェース ステップ by ステップのシンプルで簡単な操作。

  • フレキシブルにカスタムターゲットを入力 位置情報入力に加えて様々なフォーマットでカスタムターゲットを入力できます。コーディングエクソンのみを抽出できるオプション機能も。

  • 幅広いカスタムデザインが可能 ヒト及びマウスの DNA あるいは RNA シークエンシング解析用のカスタムデザインが可能。アンプリコンベースの HEAT-Seq カスタムプローブ設計にも対応。

 

 

■ 本ソフトウェアで対応可能な製品

NimbleDesign でカスタムデザインが可能な製品は、下記の通りです;

SeqCapIcon.png ExprIcon.png

上記以外のカスタム SeqCap 製品をご利用いただく場合には、コチラ をご参照ください。

 

 

■ 使用環境

NimbleDesign は Internet Explorer 10 でのご利用を推奨しておりますが、その他の Web ブラウザ環境(現行バージョンの Internet Explorer、Mozilla Firefox、Google Chrome、Apple Safari)でもご利用いただくことができます。

注) JAVA を有効にしておく必要があります。また、居住国の設定から「Japan」を選択してご利用ください。

NimbleDesignCountry.png

 

 

■ 資料等

 

 

■ ご注文ワークフロー

1. ターゲット情報のご準備

ターゲットリスト(ターゲット位置情報(染色体番号、開始位置、終了位置)あるいは遺伝子名や遺伝子IDのリスト)をご準備ください。

 

2. NimbleDesign にログインしてステップ by ステップで必要情報を入力

・~24時間で設計が完了します(ターゲット領域のサイズにより時間は異なります)。
・設計完了のメールが自動送信されます。

 ※24時間以上経過しても自動返信メールが届かない場合には弊社までご連絡ください(tokyo.as-support@roche.com)。

 

3. 設計結果の確認&承認

・NimbleDesign にログインして、設計内容をご確認いただき、承認( Approval ボタンをクリック)してください。
・設計が承認された旨のメールが自動送信されます(configuration 番号の発行)。

カスタムデザイン結果確認 参考資料 カスタムSeqCap EZ デザイン結果確認ガイド(英語版v4)
カスタムSeqCap デザイン結果確認ガイド(日本語版)
SignalMap ソフトウェア
カスタム HEAT-Seq デザイン結果確認ガイド(英語版v1)

 

 ※24時間以上経過しても自動返信メールが届かない場合には弊社までご連絡ください(tokyo.as-support@roche.com)。

 

4. 製品の製造・お届け

代理店様からのご注文書を確認させていただいた後、おおよそ5週間ほどでお届けとなります。

 ご注意ください 代理店様からのご注文書が確認できない場合には製造に進めることができませんのでご注意ください。

 

 

■ データ

NimbleDesignFig1.png

図1. プローブ設計アルゴリズムの違いによるターゲットカバレージ。より広い領域をキャプチャーできればよりたくさんの SNVs が検出できる。 SeqCap EZ と他社プローブ設計アルゴリズムの標準パラメーターを適用して、ヒト 11 番染色体の 61-61.5 Mb という 500 kb の連続領域をターゲットとしてプローブ設計を試みた場合の結果を比較しました。プローブが設計できた領域が黒で示されています。他社アルゴリズムでは 222 kb のみがプローブでカバーされたに過ぎませんでしたが、SeqCapEZ では 372 kb に対してプローブを設計することができました(おおよそ 20 % 増)。